Foreningen højtideligholder visse nationale mindedage. Der tre faste mindehøjtideligheder hvert år: 5. og 9. maj samt 4. juli. Hertil kan komme specielle arrangementer i anledning af særlige begivenheder. Dette har f.eks. været kranselægning ved foreningens mindesten ved kirken for kommandørkaptajn, overfabrikmester Knud Nielsen Benstrup den 11. august 2015 i anledning af Flådens 500-års jubilæum, og ved samme mindesten den 26. februar 2017 på 275-års dagen for Knud Nielsen Benstrups død.

I 2018 arrangerede foreningen den 29. august en større mindehøjtidelighed ved mindestenen på havnen i anledning af 75-årsdagen for Flådens Sænkning, den 19. august 1043.
 

5. maj:
Hvert år den 5. maj mødes medlemmer i Marinestuen og begiver sig i samlet parade med foreningens flag og faner fra inviterede soldaterforeninger til foreningens mindesten ved havnen, hvor der lægges en buket rød/hvide blomster og holdes en lille tale, inden paraden marcherer tilbage til Marinestuen, hvor foreningen er vært ved en kop kaffe med brød og en enkelt dram. Ved denne lejlighed er fremlagt de aviser og andre publikationer og effekter foreningen har fra besættelsestiden.
Hvert 5. år arrangerer foreningens sammen med Vaabenbrødreforeningen for Ebeltoft og Omegn en kranselægning ved mindestene og gravsteder, således: Foreningensmindesten på Havnen, Gravsted for engelsk flyver på Dråby Kirkegård, gravsted for to engelske flyvere på Hyllested Kirkegård, Frihedskømper-monumentet i Drammelstrup, Gravstedet for canadisk flyver på Tved Kirkegård og Gravstedet for modstandsmanden Vagn Holst på Helgenæs Kirkegård.
 

9. maj, "Søværnets Dag":
Hvert år den 9. maj - årsdagen for Slaget ved Helgoland, den 9. maj 1864 - stor foreningen som arrangør af den store flag-/faneborg og parade, der tager opstilling på Torvet, hvor Søværnets Tamburkorps giver en lille koncet efter først at have marcheret gennem byen for fuld musik. Eftern koncerten marcherer paraden efter Tamburkorpset og flag-/faneborgen til Fregatten Jylland, hvor Tamburkorpset giver tattoo-opvisning efterfulgt af "Søværnets hilsen" - tale ved Søværnets repræsentant i fregatinstitutio- nens bestyrelse. Der afsluttes med at hele paraden marcherer ud tuil Bastionen, hvor der affyres "Dansk Løsen" (3 kanonskud). Efter march tilbage til Fregatpladsen er der aftrædning og efterfølgende er Søværnet vært ved en gang skipperlabskovs ombord på Fregatten Jylland.

4. juli, Danske Soldaters Mindepark ved Rindsholm Kro:
Den 4. juli 2004 anlagde Rindsholm Kro's ejerpar, Frode og Hanne Hansen, Danske Soldaters Mindelund til minde om de mere end 100.000 danske soldater m.fl., der har været udsendt i internationale missioner.
Mindelunden ligger på det sted, hvor danske dragoner og infanterister den 4. juli 1849 afværgede et prøjsisk angreb på Viborg, der derved undgik prøjsisk besættelse.
I 2010 var Ebeltoft Marineforening kroejer Frode Handen behjælpelig med at fremskaffe en gammel flådekanong, - en original kanon, der havde deltaget i Slaget ved helgoland den 9. maj 1864. Det vides dog ikke, hvilket af de danske skibe kanonen befandt sig ombord i. Som tak herfor er Ebeltoft Marineforening hvert år specielt inviteret til at deltage med flaget og repræsentanter i mindehøjtideligheden den 4. juli. - Se mere om mindelunden her.